菜鸟网络目前更多的是将大量中小快递公司进行深度绑定结合，这种合作关系很难帮助它们在物流体系的每一个基础环节进行有效的革新和升级，而京东物流和顺丰选择的道路虽然“老土”，但系统构建完毕之后它们对整体物流效率的提升效果是明显且惊人的。
更何况随着菜鸟网络在快递领域的“野心”逐渐开始暴露，它与快递公司们之间的合作关系也正在面临着种种的不确定性。
2019年5月28日，菜鸟网络总裁万霖宣布：“未来3年菜鸟裹裹将和合作伙伴每年为超过10亿人次提供全新寄件服务，菜鸟驿站共建10万个社区级站点，菜鸟IoT技术和快递行业共同连接智能物流终端1亿个”。
快递企业正在意识到菜鸟的快速崛起是传统快递行业的“噩梦”。
一方面，与菜鸟深度绑定的快递公司们正在逐渐失去与消费者的直接联系，菜鸟通过对订单和最后一公里驿站的把持牢牢掌握了快递行业的用户流量入口，快递企业将沦为只负责“脏活累活”的“苦力”，未来它们将失去其核心业务升级和附加价值挖掘的机会。
另一方面，菜鸟在快递收派件、中转、干线运输各个环节的数据切入正在逐渐让快递公司本身的技术实力丧失“存在感”。例如通过“电子面单”的普及，快递企业们得以实现自动分拣自动化，快递末端的配送效率得到有效提升，但这样的核心技术和标准竟然完全掌握在菜鸟手中，快递公司们毫无话语权可言。
虽然每家和菜鸟网络合作的快递公司都有着近十亿量级的订单规模，但核心的用户、物流数据却完全掌握在菜鸟那里，快递企业承担的角色越来越只是一个“包裹运输”角色，这让快递公司们正在完全丧失行业内的主动权。
这种威胁也让与菜鸟合作的快递公司们开始意识到阿里巴巴风格下的物流扩张最终只会让快递公司沦为阿里生态中的一环，企业想要独立自主地进行产业升级是几乎不可能的。于是快递公司们与菜鸟网络的关系也越来越“貌合神离化”。
虽然菜鸟网络相继入股了百世、圆通、中通、申通，但每一家快递公司其实都有自己在物流领域的“小算盘”，依赖于目前阿里电商生态下巨额的订单量它们尚且还不能“发作”，但随着京东物流的崛起，以拼多多等为代表的新的电商集团强势发展，很难说未来这些快递公司会不会跳转阵营，这也将给菜鸟网络构建起的物流体系蒙上一层阴影。
总的来说，京东物流、顺丰速运因为对自身物流体系的强把控性，正在将“快速提升物流效率”变为消费者可以直接享受到的现实，而菜鸟网络虽然更为上层和庞大，但它“把控一切”却又不“聚焦基础”的商业模式正在显现出不可避免的弊端，减缓了其为物流行业带来直接提升的步伐。
所以短期来看，菜鸟网络旗下的物流构建还是不如京东物流和顺丰速运。至于未来会怎样，这还需要时间的检验。
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