海运拼箱货比整箱货的通关手续更复杂，花费的时间更长
其一，整箱货正好符合出口和进口国家的海关查验、封关、放行的最小单位，一批货物，只要出口人和进口人提交的单据合理合法并且完整无缺，出口海关和进口海关办妥相关手续和征收相关税费以后，均会很快予以通关放行。而海运拼箱货就不会有这么简单和快捷。只要集装箱里的货物有一票货物的单证出了纰漏，出口海关就不会对该货物放行。因为出口海关必须对出关的集装箱做好关封以后才允许载货集装箱出境。因此，同一个集装箱里，任何一家货物不通关，势必影响其它货物的及时出口和运输。
其二，海运拼箱货物远不如整箱货物的货源广泛和灵活性，它需要运输公司额外招揽并合理搭配一些装运港、目的港、交货期、货物的品种、体积、重量等各方面的条件都很适宜配进同一个集装箱的出口货物。这些要求做起来难度很大，需要的时间也比较长。如果货主托运的运输公司经营能力不强，那么，货物运输的时间还会拖延得更长。
其三，在一般情况下，整箱货物可以直接在内地口岸装运，而海运拼箱货物因为内地货源相对较少，沿海货源相对较多的因素，只适合在发达的沿海口岸交货。这无疑又会给出口人增添许多额外的麻烦。按照我国政府的有关规定，出口货物必须通过生产所在地和出口报关所在地的商检局检验。如果货物在生产所在地的省(自治区、直辖市)所辖范围内的本地报关出口，则一批货物只需办理一次商检就可以了。否则，如系异地报关，一批法定检验的出口商品，必须经过两处检验，海关才会予以放行。
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